在蓬卡乔停战谈判期间圣马丁与拉塞尔纳没有完全暂停各自的行动

在蓬卡乔停战谈判期间，圣马丁与拉塞尔纳并没有完全暂停各自的军事行动。事实上，双方都只是想利用这个机会试探对方并为下一步行动做准备。因此，谈判是否达成一致，对圣马丁和拉塞尔纳来说并不重要。

秘鲁的独立最终还是要靠武力来实现，谈判一结束双方就立刻投入到军事战斗中。蓬卡乔停战谈判最重要的作用是证实了圣马丁开明专制的政治理念，一进入利马，圣马丁就放慢了开展军事行动的脚步，着手组建新的政府。

在开明专制思想的指导下，圣马丁建立了秘鲁新的政府。但事实证明在政治体制上趋向保守的圣马丁最终失去了秘鲁人民和远征军的信任。

在蓬卡乔谈判中，圣马丁与秘鲁保皇派没有就承认南美洲的独立达成共同的谈判基础。拉塞尔纳按照西班牙王室的指示，打算在适当的时机发动战争。蓬卡乔停战谈判恰好为拉塞尔纳提供了喘息的机会，他有充足的时间将军队撤离利马。

拉塞尔纳的军队在海岸被圣马丁封锁后彻底暴露于公开的包围之中，利马保皇派的地位陷入危机。因此拉塞尔纳选择将军队带进塞拉岛的山区。塞拉岛上的资源要优于利马，宜人的气候可以使保皇派军队远离瘟疫。

同时能够让保皇派在重新开战时占据有利地位。另外，塞拉岛上的银矿增加了保皇派军队手中的筹码，这为军队最大程度的保留储备力量的同时提供了资金支持。拉塞尔纳决定在塞拉岛上建立军事基地和指挥总部，潜伏在高地上伺机而动。

1821年中期拉塞尔纳率领军队完成了撤出利马的任务。利马城内没有任何军队驻守让市民感到惶恐不安，这种情绪从社会的中间阶层一直蔓延到贵族当中。

他们害怕的从来不是军队的暴行，而是利马城中的奴隶发动的起义，他们害怕会在利马重现海地那样大规模的奴隶起义。

作为这些事件的直接观察者，巴兹尔·霍尔船长并不赞同这样的恐慌，“奴隶们从来没有时间计划这样的事情；他们缺少有组织的习惯，因为他们都是家庭佣工，分散在一个偌大的城市中，很少有秘密交往的机会。”

与拉塞尔纳相反，圣马丁更喜欢将首都作为革命的焦点和中心。1821年7月10日何塞·曼努埃尔·博戈菲奥（JoseManuelBogofio）上校率领远征军的先遣部队进入利马，圣马丁并没有公开露面，而是乔装打扮混在人群当中，以便对城内的情况进行观察和评估。

直到7月12日圣马丁才公开进入利马。西班牙人在圣马丁进入利马后陷入了混乱：作为利马城中财富的所有者，如果拒绝接受圣马丁的政策，他们的财产就可能会被没收，人身安全也会受到威胁；如果接受了圣马丁的条件，就可能会遭到西班牙政府的报复。

鲁保护国。圣马丁成为秘鲁拥有最高军事权力和民事权力的保护者。进入利马后，圣马丁的军事行动几乎停滞不前。

拉塞尔纳虽然在7月4日公开发表声明要放弃利马，并将政治和军事指挥权留给了利马的和平长老蒙特米拉侯爵（Montemira），但他撤出利马时仍然在卡亚俄港留下了2000名驻军。只要卡亚俄还在保皇派手里，独立就不可能得到保障。

虽然用武力夺取卡亚俄有一定的难度，但圣马丁甚至没有阻止保皇党军队派出兵力加强在这个港口的驻守，这让阿雷纳莱斯和科克伦感到疑惑和惊讶。

1821年9月10日在坎特拉克将军的带领下大约3300名西班牙士兵在没有任何干扰的情况下不慌不忙的经过利马，顺利进入卡亚俄。短短几天之后坎特拉克因为粮食短缺不得不带上财产和大约五百名士兵退居内陆，而在这个过程中圣马丁仍然无动于衷。

阿雷纳莱斯当时正在山地地区进行第二次战争，当他想要追击坎特拉克残破的军队时接到了圣马丁的命令：不要拿军队冒险，尽快撤退到帕斯科或者利马。阿雷纳莱斯也有过反抗，这从他在前线的通讯记录中就能看出。

当他接到1821年7月25日的命令时，阿雷纳莱斯已经到达首都附近的马图卡纳（Matucana）。圣马丁要求他留在塞拉岛，不要冒险采取不利于军队的行动。

阿雷纳莱斯的回答透露出他的恼怒：“我只能遵守这个建议……但我曾经说过，如果我的部队一旦离开该省的中心，敌人设法占领了它，我们就无力再去收复；我仍然记得在与您的一次通信中，您告诉我，与正在考虑的其他措施相比，失去塞拉无关紧要。”

阿雷纳莱斯对圣马丁将军的不作为感到困惑，但是作为一名士兵他只能服从命令。圣马丁认为与保皇派之间发生一场战争对爱国者的事业来说是极具危险性的。因为当时细微的逆转和差错都会改变整个秘鲁的局势，西班牙人会抓住每一个机会重新夺回利马。

这样一来，整个国家的独立就可能会被无限期的拖延。同时圣马丁也对自己的军队缺乏信心。远征军此前在瓦乌拉的瘟疫中同样遭受了损失，因此不可能在与一支纪律严明，经验丰富的军队的交战中胜出。

威廉·米勒将军对此表示赞同：“圣马丁这次因为没有袭击保皇党而受到严厉谴责；但考虑到他当时部队的状况，也许可以理解他所采取的的行动。”

即使是出于这样的考量，圣马丁的军官、爱国者和革命伙伴的意见还是掀起了一场批评和抗议的风暴，圣马丁的声望也从这时开始衰落。

1821年9月19日，卡亚俄要塞的克里奥尔指挥官何塞·德·拉马尔（JosédelaMar）将军及其疲惫的守军投降，卡亚俄再一次回到远征军手中。

这些事件引发了军队的不满。其实远征军的分裂早就已经存在：阿根廷人、智利人和秘鲁人之间的竞争削弱了远征军的战斗力，许多秘鲁军官不愿参加现役部队。据米勒说，这些秘鲁军人更喜欢利马的安逸，而不是塞拉的危险。

圣马丁的防御战术和军事决策存在的缺陷让他失去了安第斯军队高级军官的支持，拉斯·赫拉斯、恩里克·马丁内斯（EnriqueMartinez）和马里亚诺·内科切亚（MarianoNecochea）相继发出退伍通知。

但因为除他之外再无其他可用的海军军官，圣马丁只能接受这位远道而来的海军将领。圣马丁与科克伦的合作从一开始就不算顺利。

作为一个外国人，科克伦来到智利海军后一直受到本土军官和士兵的质疑，这对他之后开展海上行动产生了一定的阻碍。科克伦在与圣马丁一同远征秘鲁的过程中，多次利用自己大胆的军事才能为海军舰队赢得胜利，为远征军成功封锁利马海岸做出关键性的贡献。

尽管科克伦与他的海军舰队取得了战争的胜利，但却没有得到相应的回报。秘鲁远征队出发之前，船员们从圣马丁和科克伦的联合声明中得到了支付佣金的保证：“在我们进入利马后，将准时向所有应征加入智利海军服役的外国海员支付全部拖欠的工资，还将根据每个人的级别，在其拖欠的工资之外再加上一年的佣金，作为对其服役的奖励。”

但这个承诺在圣马丁进入利马之后就被其遗忘。科克伦曾多次就服役的佣金问题与智利政府和圣马丁进行交涉与谈判，但结果都不尽如人意。

为保证军队有充足的补给，科克伦找到了一些赚钱的方法：他向离开海岸的西班牙难民收取每人2500比索的护照费，通过释放购买贸易许可证的封锁者来收取费用等等。在圣马丁看来，科克伦获取金钱的方法是武断和腐败的。

1821年8月5日海军上将科克伦与圣马丁将军进行会晤，以解决工资和补给问题。在交谈过程中，科克伦提出应该由现在的远征队来承担这笔费用，而圣马丁却声称，科克伦率领的是一支智利海军，这笔佣金应该由智利政府来承担而不是秘鲁。

圣马丁这样的言论实际上是为了将智利人从秘鲁解放战争中驱逐出去。此次会晤双方没有就如何解决酬劳的问题达成一致。1821年9月保皇派再次占领卡亚俄，科克伦与圣马丁的关系到达了破裂的顶点。

9月当坎特拉克的部队经过利马进入卡亚俄时，科克伦再次与圣马丁见面，他请求圣马丁攻打坎特拉克残破不堪的军队，但这个请求再一次遭到了圣马丁将军的拒绝。9月14日科克伦在安孔海上航行时得到消息，在安孔停留的一艘船上安置着一批财富。

这些金银财宝一半属于秘鲁政府，一半是私人所有。科克伦在航行过程中将船上的所有物品全部没收，用以支付船员的佣金。圣马丁对此感到极其愤怒和震惊，他命令科克伦立即离开卡亚俄。

于是，23名军官和一些外国海员放弃了海军舰队，智利海军舰队由此陷入了无人驾驶的状态。科克伦又将剩余的部队从解放者的军队中撤出，以便独自开展在太平洋地区反对西班牙的运动。

另一边，圣马丁着手组建一支独立的秘鲁海军，并设法获得了几艘小型船只，后来又获得了西班牙护卫舰普鲁埃巴号（Prueba）和文甘萨号。1821年9月圣马丁与科克伦彻底分道扬镳。

他们二人性格迥异，圣马丁谨慎保守，科克伦大胆乖张。因其二人性格不同又导致对战争的策略与态度存在巨大差异，加之拖欠的酬劳迟迟未能支付，最终导致合作破裂。

托马斯·科克伦的离开让圣马丁在秘鲁的海军陷入了瘫痪，他不得不再次筹集一支只属于秘鲁的海军舰队。离开智利海军后，科克伦在巴西的邀请下，投入到了巴西人民反抗葡萄牙统治的战争中，再一次开启了自己雇佣水手的生涯。